Είναι χαρακτηριστική η απάντηση του στις δελεαστικές προτάσεις του κριτή: «Εγώ είμαι χριστιανός και για Θεό μου πιστεύω τον Ιησού Χριστό. Τις τιμές και τ’ αξιώματα, που μου τάζετε, δεν τα χρειάζομαι. Το Χριστό πιστεύω και δεν τον αρνιέμαι. Για τ’ όνομα του Χριστού πεθαίνω, μα τούρκος δεν γίνομαι». Απλά λόγια, γεμάτα πίστη.
Ο Άγιος Νικόλαος, μετά την ομολογία του αυτή, ρίχτηκε στη φυλακή και βασανίστηκε 65 ημέρες χωρίς ψωμί και χωρίς νερό, και σαν σήμερα στις 23 Σεπτεμβρίου του 1672 ο δήμιος τον αποκεφάλισε. Οι χριστιανοί αγόρασαν ακριβά το νεανικό σώμα και το έθαψαν στο μοναστήρι της Παναγίας στο νησί της Χάλκης. Η ιερή κάρα του Αγίου βρίσκεται τώρα στη Μονή Ξηροποτάμου στο Άγιο Όρος.